Školka byla slavnostně otevřena v pondělí 11. září 2000 ředitelem Sionu Denisem Doksanským, za účasti senátora PČR Doc. MUDr. Karla Bartáka, CSc., přednosty Okresního úřadu Ing. Pavla Bradíka, náměstka primátora Ing. Josefa Potočka a mnoha dalších hostů.
Nachází se v jednopatrové budově v ulici Na Kotli 1201 v Malšovicích. Městem pronajaté prostory po bývalé kulečníkové herně prošly nákladnou rekonstrukcí. Pro děti od 3 do 7 let tak vznikly nové příjemné prostory s přitažlivým a podnětným vybavením.
V prvním roce svého působení nabízela Školka Sion své služby zejména v dopoledních hodinách, od září roku 2001 rozšířila svoji činnost i na odpoledne. V současné době se tým pracovníků o děti stará denně od 6.30 do 16.30 hodin.
Vzhledem k vzrůstající poptávce po umístění dětí školka otevřela v září 2005 novou třídu v přízemí budovy, které bylo pro účely školky zrekonstruováno. I přes otevření nové třídy byla kapacita vyčerpána.
Od 1. září 2006 byla školka Sion zařazena do rejstříku škol a školských zařízení (pod názvem Mateřská škola Sion, Hradec Králové). Zřizovatelem školky je Sion, z. s. v Hradci Králové.
Poté došlo k rekonstrukci budovy v ulici Kyjovská (nyní Kleinerových). Od září 2009 tak školka otevřela novou třídu. Školka Sion tak v současné době provozuje 3 třídy: Lentilky, Lízátka a Bonbonky.
Mezi lety 2020-2022 došlo ke kompletní rekonstrukci budovy Kleinerových a úpravě venkovních prostor (nová dlažba, zahrada, sportoviště).
V roce 2022 také proběhla výměna oken a přidání nových záchodků a umyvadel pro děti v budově Na Kotli.
